Марсель Пруст родился в районе Отёй (пригород Парижа) 10 июля 1871 года в доме двоюродного дяди Луи Вейля. Его отец, Адриан Пруст был выдающийся врачом-эпидемиологом, профессором медицинского факультета, занимался поисками средств предотвращения распространения холеры в Европе и Азии; был советником французского правительства по борьбе с эпидемией; автором многочисленных статей и книг по медицине и гигиене. Мать, Жанна Вейль — дочь биржевого маклера.
В 1882 году Пруст поступил в лицей Кондорсе. Выпускные экзамены на звание бакалавра сдал в июле 1889 года и был особо отмечен за сочинение по французскому языку. В лицее Пруст познакомился с Жаком Бизе, сыном композитора, Люсьеном Доде, сыном романиста, с будущим художником-модернистом Морисом Дени и с будущим поэтом Фернаном Грегом.